Det är inom den juridiska institutionen som den operativa verksamheten – forskning och utbildning – bedrivs. Institutionen leds av en prefekt och en ställföreträdande prefekt. Prefektens uppgift är att leda och fördela arbetet inom institutionen. Prefekten har resultatansvar för budget. Prefektens chef är Juridiska fakultetens dekanus. Prefekten har även ansvar för institutionens personal och organisation. Inom institutionen finns en institutionsstyrelse. Institutionsstyrelsen utfärdar vissa riktlinjer vad gäller till exempel undervisning, examination och fastställande av budget.

Vid institutionen finns dessutom elva institut och centra samt åtta stiftelser.